Las transacciones normalmente están marcadas en contra de los extractos bancarios - proceso conocido como "reconciliación". GnuCash permite modificar el estado de reconciliación de cada transacción.
El estado de reconciliación de una transacción se muestra en el campo reconciliación (R). 'y' indica que la transacción ha sido reconciliada, 'n' indica que no, y 'c' indica que ha sido limpiada, pero no reconciliada. Cuando una transacción es limpiada, puede cambiar su estado a 'c' apretando en su campo R.
En la parte inferior de la ventana de cuentas, hay dos totales: 'Balance', y 'Caja'. 'Caja' debería corresponde con el dinero que el banco piensa que tiene en su cuenta, mientras 'Balance' muestra las transacciones salientes.
La reconciliación se puede hacer en la Ventana de Reconciliación