Le modifiche alla struttura dei conti possono essere effettuate direttamente dal riquadro del Conto padre presente nella finestra di Modifica conto. È possibile spostare un conto in qualsiasi parte della struttura. Si raccomanda comunque di mantenere i conti raggruppati a seconda del tipo come descritto in Sezione 5.1, «Tipi di conti in GnuCash»; questo aiuta a preservare lo schema della struttura dei conti..

Per spostare il conto selezionato in un differente conto padre è sufficiente selezionare il conto nel riquadro del Conto padre. Se viene selezionato Nuovo conto di livello principale allora il conto verrà spostato al livello principale.